一、农业部行政审批综合办公领导小组，是行政审批综合办公的领导机构。其主要职责是：研究制定行政审批综合办公的基本制度，确定纳入行政审批综合办公的行政审批事项，协调解决实际工作中遇到的重大问题。
    二、农业部行政审批综合办公室，是行政审批综合办公的办事机构。其主要职责是：承担农业部行政审批综合办公领导小组办公室的日常工作；研究拟定农业部行政审批综合办公的规章制度并监督实施；负责农业部行政审批综合办公业务范围的核定，并统一负责项目的咨询、受理、督察督办和回复工作；负责制定农业部行政审批综合办公信息系统建设总体规划并组织实施；负责指导并监督农业部相关单位的行政审批工作。
    三、农业部行政审批综合办公业务分支机构（以下简称业务分支机构），承担专业性较强、业务量较大的行政审批工作。业务分支机构执行行政审批综合办公的基本制度，业务上接受综合办的指导和监督，计算机信息系统与行政审批综合办公计算机信息系统联网。