一、申请者按照有关法规要求向所在地省级农业行政主管部门所属的种子管理机构提交《农作物种子经营许可证申请表》等申报材料。省级农业行政主管部门经实地考察、审核后在申请表上签署审核意见和盖章，并以正式文件提出审核报告。

二、农业部种植业管理司组织专家审查小组，对申请者提交的全部申报材料进行审查，提出审查意见。

三、农业部审批同意的，颁发《农作物种子经营许可证》，并发文通知省级农业行政主管部门，同时在《农民日报》、《中国种业信息网》等媒体公布；对不同意发证的，函告所在省农业行政主管部门（抄送申请者），并说明原因。

工作依据：

    1.《中华人民共和国种子法》

    2.《农作物种子生产经营许可证管理办法》

    3.《农业转基因生物安全管理条例》

    4.关于设立外商投资农作物种子企业审批和登记管理的有关规定

有关说明：

农业部受理以下4种类型的农作物种子经营许可证的申请：

1.实行选育、生产、经营相结合，注册资本达到3000万元以上的种子公司，申请有效区域超出所在省（自治区、直辖市）的农作物种子经营许可证。

2.从事种子进出口业务的农作物种子经营许可证。

3.经营转基因植物种子的种子经营许可证。