国家农业部于2006年8——11月组织开展了“十五”全国农业科研机构综合科研能力评估工作。此次参加评选的单位共1077个，其中部属科研机构54个，省属科研机构518个，地市属科研机构505个。

　　巴彦淖尔市农业科学院在此次评估工作中，全国地区级层次排名第57名，专业排名第102名，行业排名第253名。在内蒙古自治区参评的32家地区级以上科研单位中总分排名第四，在盟市级科研院所中排名第一。