2006年1月1日，五大连池市正式实施新型农村合作医疗制度。经过两年半的运行，工作进展顺利，参合率由2006年的75.85%提高到2008年的93.26%。

　　新型农村合作医疗制度是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。为使百姓得到更多的实惠，2007年，经市政府第六次常务会议研究决定，调整了2008年新农合报销比例。提高了乡镇、县级住院费用报销标准，在乡镇卫生院住院报销起付线100元不变，报销比例由40%增至45%；县级医院住院报销起付线400元不变，报销比例由35%增至40%；建立大额住院医药费补偿制度，参合农民住院费用一次性超过3万元的，除按比例报销外，超过3万元的部分再按30%的比例进行报销。